菘蓝色氨酸合成酶基因的克隆与生物信息学分析-陕西师范大学学报期刊社网站

陕西师范大学学报（自然科学版）

生命科学

菘蓝色氨酸合成酶基因的克隆与生物信息学分析

杨树，潘淑琴，张丽红，王喆之，李焘*

（药用资源与天然药物化学教育部重点实验室,西北濒危药材资源开发国家工程实验室,陕西师范大学生命科学学院，陕西西安 710119）

杨树, 男, 博士研究生, 研究方向为菘蓝转录组以及次生代谢.E-mail: bigtree_5308816@163.com

摘要:

对菘蓝色氨酸合成酶基因IiTSA进行克隆，并对其进行生物信息学分析.结果表明：菘蓝IiTSA基因全长2 111 bp，包含8个外显子和7个内含子；cDNA全长1 035 bp，编码311个氨基酸，编码的蛋白定位在叶绿体基质中，是一种无信号肽和跨膜结构域的疏水性蛋白；二级结构主要由α-螺旋、β-转角、延伸链和不规则卷曲组成；序列比对结果显示，菘蓝IiTSA核酸序列和氨基酸序列与其他多种植物的TSA核酸序列和氨基酸序列均具有较高的同源性.

关键词：

菘蓝；靛蓝；色氨酸合成酶；生物信息学

收稿日期：

2014-07-25

中图分类号：

Q517； Q93.2

文献标识码：

文章编号：

1672-4291(2014)06-0066-05

基金项目：

国家自然科学基金资助项目（31200221）；中央高校基本科研业务费专项资金项目（GK201405001）

Doi:

Gene cloning and bioinformatic analysis of tryptophan synthase from Isatis indigotica

YANG Shu， PAN Shuqin， ZHANG Lihong， WANG Zhezhi， LI Tao*

（Key Laboratory of the Ministry of Education for Medicinal Plant Resource and Natural Pharmacentical Chemistry, National Engineering Laboratory for Resource Developing of Endangered Chinese Crude Drugs in Northwest of China, School of Life Sciences，Shaanxi Normal University，Xi′an 710119，Shaanxi, China）

Abstract:

Tryptophan synthase gene from Isatis indigotica was cloned,and its bioinformatic were analyzed.The results showed that the full length of IiTSA is 211bp,and it contains 8 exons and 7 introns; cDNA is 1 035 bp in length, coding 311 amino acids. Encoding protein is a hydrophobic protein located in the chloroplast stroma without signal peptide and transmembrane domain. The secondary structure of IiTSA mainly includes the alpha helix, beta corner, extension chains and irregular curly. The nucleic acid sequence of IiTSA has high homology with the nucleic acid sequence of TSA in other plants, and the amino acid sequence also has high homology.

KeyWords:

isatis indigotica; indigo; tryptophan synthase; bioinformatics